Il museo e' stato riallestito e ionaugurato il 29 novembre 2008, nel Castello dei Pico, recentemente restituito alla città. Dodici le sezioni del nuovo museo che raccontano la storia di Mirandola, delle sue istituzioni e della Signoria dei Pico.

In occasione del trasferimento nella nuova sede, le collezioni del museo e della fondazione Cassa di Risparmio di Mirandola, sono state arricchite da diverse importanti donazioni da parte di privati.