Il Museo è costituito innanzitutto dalla chiesa stessa di Sant’Ignazio che è stata lasciata nella sua integrità, con il proprio arredo di manufatti e di tele d’altare, da leggersi nell’insieme come una sorta di “museo di sé”. Le opere d’arte che le appartengono sono esempi notevoli per la storia dell’arte a Carpi tra il XVII ed il XIX secolo.

Il percorso museale vero e proprio si sviluppa nel vano della chiesa e nelle due ex sacrestie.

Il materiale presentato proviene da chiese della città e della diocesi e costituisce una selezione di opere significative per il loro messaggio pastorale e didascalico. Fanno parte dell’esposizione arredi e suppellettili sacre, argenterie dal XVI al XX secolo, dipinti di pregio, incisioni, sculture, tessuti, scagliole.

Notevole la serie degli antifonari dalla cattedrale eseguiti da Damiano Gafori tra il 1515 al 1534, i reliquari dell’inizio del XVI secolo della bottega di Bartolomeo Spani dalla parrocchiale di Santa Croce, argenti di manifattura veneziana, emiliana, modenese e reggiana tra XVII e XIX secolo, sculture in terracotta del XV secolo di matrice toscana e dipinti tra il XVII e XVIII secolo di scuola emiliana e locale rispondenti ai nomi del Mastelletta, Scarsellino, Stringa, Lemmi, Carnevali, Lamberti, Varotti, a documentare la varietà e le testimonianze pittoriche presenti a Carpi e nel territorio diocesano. L’Ottocento trova invece espressione attraverso le opere di Malatesta, Bisi, Rossi, Forti, Lugli ed altri.