Il Museo ospita permanentemente i principali documenti dell'Archivio Storico Abbaziale, tra cui figurano diplomi di sovrani  carolingi, ottoniani, pergamene della dinastia dei Canossa unitamente a bolle pontificie. E' esposto inoltre l'antico Tesoro composto da tre rare Stauroteche, reliquiari, codici miniati, preziose oreficerie e smalti che mostrano l'antico splendore del monastero. Di particolare interesse sono, inoltre, la Croce astile dipinta da Zanobi Strozzi, allievo del Beato Angelico, il Polittico di Michele di Matteo Lambertini, la pala con l'Ascensione di Cristo di Scuola ferrarese, la grande tela di Ludovico Carracci rappresentante San Carlo Borromeo ed una serie cospicua di apparati ed arredi liturgici provenienti dalle chiese di Modena e della intera Diocesi. Da non dimenticare i reperti archeologici, frutto delle recenti campagne di scavo nel giardino abbaziale.