La maggior parte dei musei universitari ha una storia comune che affonda le sue radici nell’Istituzione del Museo di storia Naturale di Modena. Il Decreto che ne attesta la nascita risale al 1776 e si deve al Duca Francesco III d’Este. La prima collezione dell’inaugurato Museo, si deve al lascito testamentario di Monsignor C.M. Fogliani che dedicò la sua raccolta privata a “tutti i giovani studiosi del ducato modenese”. Il Museo di Zoologia e Anatomia Comparata si separerà dal Museo di Storia Naturale nel 1877, per volere dell’allora Direttore Antonio Carruccio. Il 1800 rappresenterà per il Museo di Storia Naturale il periodo di maggior splendore caratterizzato dall’acquisto, a più riprese, di nuovi esemplari. Le Collezioni andarono arricchendosi per numero, varietà ed importanza. Il periodo della Restaurazione coincise con un aumento delle risorse, umane e finanziarie, destinate al Museo. La costruzione di nuovi locali, l’aumento del personale addetto alla cura dei reperti e le numerose donazioni permisero al Museo di Storia Naturale di essere annoverato fra i più belli dell’Europa di fine ottocento. Uno dei Direttori più importanti per il Museo di Zoologia e Anatomia Comparata fu il professor Antonio Carruccio. Fervido sostenitore della separazione della cattedra di Zoologia e Anatomia Comparata da quella di Geologia e Mineralogia e delle relative collezioni, ottenne la divisione del Museo di Storia Naturale in due musei distinti il 12 agosto del 1877.  E’ questa data a sancire la nascita di un Museo geo-mineralogico, oggi ubicato in Largo S.Eufemia, e di un Museo di Zoologia e Anatomia Comparata ubicato ancora oggi all’interno del Palazzo universitario. Nel giugno del 1880, grazie all’opera del Carruccio, venne inaugurata la prima collezione provinciale dei vertebrati di tutta l’Emilia. Nel 1882 il Museo di Zoologia e Anatomia Comparata si componeva di sette sale da collezioni che coprivano una superficie di 535 metri quadrati, una sala studio, tre laboratori per il personale museale e una sala accessoria ad uso di magazzino. Oltre ai locali per l’esposizione e lo studio del materiale il Museo, alla fine dell’anno 1882, vantava anche una biblioteca nella quale si annoveravano 462 volumi tematici e 217 tavole illustrate dei reperti. Nel gennaio del 1883 il Museo acquistò uno splendido esemplare di squalo bianco (Carchadon rondeletii Mull.) della lunghezza di 4 metri e del peso di 12 quintali ancora oggi visibile in museo. Nel novembre del 1884 fu nominato professore ordinario della cattedra di Zoologia e Anatomia comparata il professor Della Valle. Sotto la sua Direzione il Museo si ampliò ulteriormente annettendo alcuni spazi dedicati, un tempo, alle collezioni mineralogiche. Uno di essi fu destinato a ricevere le centinaia di visitatori che, nelle giornate di apertura, affollavano il Museo. A più riprese, nei tre anni successivi, altre importanti donazioni riguardarono le collezioni modenesi; ad esempio nel 1889 il marchese Doria regalò un esemplare di ippopotamo (Hippopotamus beisa) femmina uccisa da lui stesso in Abissinia. Anche questo reperto è visibile oggi in Museo presso la sala Bompani. Per dovere di cronaca, occorre ricordare che tra i mecenati del Museo si annovera anche S.M Umberto I che, su richiesta del Rettore Triani, regalò al museo due caprioli delle Cacce reali di S.Rossore. Al 31 dicembre del 1892 l’inventario museale vanta un patrimonio di 75409 lire per le collezioni, 11560 lire per le tavole e i tomi della Biblioteca e 1703 lire per la strumentazione scientifica dei laboratori. L’inizio del 1900 vede una piccola riduzione delle attività del Museo. Tra il 1930/38 gli arricchimenti più significativi riguardano la fauna esotica grazie alle frequenti donazioni del Prof. Luppi e del dott. Corni. Dopo gli eventi bellici del 1946 inizia un accurato lavoro di restauro delle collezioni. È questa l’ultima opera di manutenzione delle collezioni fino al 1979, anno in cui, la collezione dei Vertebrati del modenese viene fatta restaurare da personale specializzato messo a disposizione del museo civico di Bergamo. Attualmente la consistenza del materiale museale raggiunge livelli nettamente inferiori a quelli della fine dell’ottocento perché intere collezioni e numerosi preparati risultano mancanti. Nel 1960, durante i lavori di pulitura si rese necessario eliminare gran parte del materiale conservato perché deteriorato. Di questo alcuni preparati, quelli meglio conservati, sono stati regalati alle scuole del territorio ad uso didattico. Si stima che, attualmente le collezioni zoologiche comprendano circa 3281 vertebrati. La maggior parte di essi sono naturalizzati mentre, pochi sono conservati sotto formalina o alcol. Della fauna modenese si contano centinaia di interessanti esemplari sistemati sotto forma di piccoli diorami. Per quello che riguarda invece gli invertebrati è importante ricordare la presenza di una collezione malacologia ammontante a circa 7000 pezzi, qualche centinaio di scatole entomologiche e altrettanti esemplari conservati sotto liquido. Il Museo di Zoologia e Anatomia Comparata è stato dichiarato Museo Storico dalla Sovrintendenza dei Beni culturali dell’ Emilia-Romagna e, come tale, vincolato alla sede posta al 3° piano di Via Università con tutte le collezioni e le strutture esistenti. Il Museo ha sempre costituito parte integrante prima dell’Istituto di Zoologia, successivamente dell’omonima sezione del Dipartimento di Biologia animale. In tale contesto,oltre all’attività istituzionale di supporto didattico per i corsi di Zoologia, Entomologia ed Ecologia rivolti agli studenti di Scienze naturali e Scienze Biologiche,è stata sempre mantenuta l’attività didattica rivolta alle scolaresche del Comune e della provincia di Modena, con il contributo del Conservatore del Museo e di giovani laureati in Scienze Naturali e Biologiche nel ruolo di guide per le scolaresche. Con il trasferimento del Dipartimento di Biologia animale nella nuova sede in Via Campi (giugno 2000) e il passaggio del Conservatore del Museo nel ruolo dei Ricercatori (2002), è continuata, pur con serie difficoltà, l’attività didattica rivolta alle scolaresche e l’apertura al pubblico in occasioni specifiche (p. es. Settimana della cultura scientifica). Negli ultimi anni, tuttavia, sono state realizzate iniziative didattiche innovative, con percorsi tematici molto apprezzati da studenti e docenti delle scuole di primo e secondo grado.