Al finanziamento delle attività del Sistema contribuiscono tre diversi soggetti:
1. i musei, con la quota di autofinanziamento prevista dalla Convenzione;
2. la Provincia, con il fondo in conto/capitale appositamente costituito per il miglioramento delle strutture museali e con altre risorse proprie;
3. la Regione, con le risorse trasferite alla Provincia sulla base della L.R. 18/2000 e con risorse trasferite all’IBACN per interventi diretti.